2003年4月，省政府根据国家统一部署，结合我省实际，决定开展新农合试点，提出力争用3～4年时间建立起基本覆盖全省农村居民的新型农村合作医疗制度。
2003年9月，我省25个试点县首批推行该制度。当年，这些地方农民的参合率达七成以上。
2005年，新郑市合作医疗管理委员会根据合作医疗基金运行情况，对医疗花费在3万元以上的参合农民定期进行二次补助，最高可再补助2万元。
2006年2月，河南首次实行省内“一证通”。参加新型农村合作医疗的农民持合作医疗证在省内所有的定点医疗机构都可以看病报销，回来后享受相应级别医疗机构的住院起付线和补偿比例。
2007年3月，信阳市在北京长峰医院建立全国第一个异地新农合农民工定点医院。这意味着，在北京务工的信阳市农民只要在长峰医院接受治疗，就可以享受新农合的有关政策。
2007年7月，高血压、糖尿病等12种慢性病纳入门诊治疗和新农合补偿范围，让农民享受到更多的实惠。
2008年5月，河南省出台了新修订的《河南省新型农村合作医疗服务违规行为处理规定》，违反禁令者将受到警告、记过、撤职乃至移送司法机关追究刑事责任的处理。
2008年，在南阳、驻马店、洛阳等市探索实行市级定点医疗机构新农合住院费用直补的基础上（即农民在市级定点医疗机构住院，出院时可直接领取新农合补助），我省全面推行市级定点医疗机构新型农村合作医疗住院费用直补工作。
2008年10月5日，我省下发了《进一步加强新型农村合作医疗管理工作的意见》。全省将完成8000所标准化村卫生室建设任务，3年内要将全省所有符合条件的村卫生室改造一遍。
2009年开始，新农合工作纳入各市、县（市、区）政府的目标责任制管理范围、纳入公共财政支出预算和新农村建设总体规划。另外，为确保广大农民以较低的费用享受到优质、高效、便捷的基本医疗卫生服务，省政府要求全省要统筹城乡医疗卫生资源，加大城市支援农村卫生工作力度。
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